- Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики» (обучение педагогов, участие гимназистов в олимпиадах)
- Школа новых технологий, г. Санкт-Петербург (участие гимназистов в различных мероприятиях)
- Астраханский государственный университет (площадка проведения Прикаспийской межрегиональной олимпиады школьников)
- Волгоградский государственный университет (площадка проведения Межрегиональной олимпиады школьников по математике «САММАТ»)
- Институт Законотворчества Саратовской государственной юридической академии (участие в олимпиадах, конференциях по истории, обществознанию, праву; проведение познавательных мероприятий на базе гимназии)
- Калмыцкий государственный университет им. Б.Б. Городовикова (учащиеся посещают очно-заочные школы, учебно-тренировочные сборы, Школу юного литератора, журналиста, участвуют в научно-исследовательских конференциях, олимпиадах)
- Институт Конфуция при Калмыцком государственном университете им. Б.Б. Городовикова (гимназисты изучают китайский язык на базе гимназии, посещают летний лагерь, выезжают на языковую стажировку в Китай).
Так же заключено соглашение о сотрудничестве в области образования на участие в Исследовательской программе «Всероссийский атлас почвенных микроорганизмов», как основа для поиска новых противомикробных продуцентов и ферментов с уникальными свойствами».
